Анализ геномных ассоциаций местных и селекционных сортов культурного нута

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Нут (Cicer arientinum) является важной зернобобовой культурой, особо распространенной на Ближнем Востоке. Из-за сильной подверженности нута при влажной погоде таким грибковым заболеваниям, как аскохитоз и фузариоз, важна селекция устойчивых, а также скороспелых сортов. В данной работе мы исследуем геномные ассоциации для 171 образца нута, выращенных на двух опытных станциях - в Краснодарском крае (Кубанская опытная станция) и Астрахани (Астраханская опытная станция), их связь с двенадцатью фенотипическими признаками, а также с тремя признаками устойчивости к трем патогенам: фузариозу, аскохитозу и совке. При исследовании методами полногеномного анализа ассоциаций были выявлены варианты, ассоциированные с различными фенотипическими признаками.

Об авторах

М. А Дук

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого;Физико-Технический институт им. А.Ф. Иоффе

Email: duk@mail.ioffe.ru
Санкт-Петербург, Россия

А. А Канапин

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

М. П Банкин

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

М. А Вишнякова

Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова

Санкт-Петербург, Россия

С. В Булынцев

Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова

Санкт-Петербург, Россия

М. Г Самсонова

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

Список литературы

  1. R. J. Redden and J. D., Berger, In Chickpea Breeding & Management (CABI: Wallingford, UK, 2007), pp. 113.
  2. R. K. Varshney, M. Thudi, M. Roorkiwal, et al, Nat. Genet., 51 (5), 857 (2019).
  3. M. Thudi, et al., Sci. Rep., 6, 38636 (2016).
  4. J. Kumar and S. Abbo, Adv. Agronomy, 72, 107 (2001).
  5. V. V. Gursky, K. N. Kozlov, S. V. Nuzhdin, and M. G. Samsonova, Front. Genetics, 9, 547 (2018)
  6. U. Ch. Jha, P. Ch. Kole, and N. P. Singh, Legume Res., 44 (4), 382 (2019)
  7. A. Sokolkova, S. V. Bulyntsev, P.L. Chang, et al., Int. J. Mol. Sci., 21, 3952 (2020)
  8. R. K. Varshney, et al., Nature, 599, 622 (2021)
  9. P. J. Bradbury, Z. Zhang, D. E. Kroon, et al., Bioinformatics 23, 2633 (2007)
  10. Sh. Purcell, et al., Am. J. Hum. Genet., 81 (3), 559 (2007)
  11. X. Zheng, D. Levine, J. Shen, et al., Bioinformatics, 28 (24), 3326 (2012)
  12. D. H. Alexander, J. Novembre, and K. Lange, Genome Res., 19, 1655 (2009)
  13. J. Wang and Z. Zhang, Genomics Proteomics Bioinformatics, 19 (4), 629 (2021)
  14. P. Danecek, A. Auton, G. Abecasis, et al., Bioinformatics, 27 (15), 2156 (2011)
  15. Ch. Zhang, Sh.-Sh. Dong, J.-Y. Xu, et al., Bioinformatics, 35, 1786 (2019)

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023