Секвенирование и аннотация хлоропластного генома Triticum militinae – “естественного мутанта” тетраплоидной пшеницы Triticum timopheevii Zhuk

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Triticum militinae Zhuk. et Migusch. – тетраплоидная пшеница с геномом GAA, считается естественным голозерным мутантом Triticum timopheevii Zhuk. Ранее для этой пшеницы проводились эксперименты по изучению кариотипа и особенностей скрещивания. Для выяснения происхождения и родства T. militinae с другими представителями пшеницевых большой интерес представляет анализ ее хлоропластного генома, который оставался неизученным. Нами впервые было проведено секвенирование и аннотация полного хлоропластного генома T. militinae, размер которого оказался равным 135898 пн. В структуре пластома этой пшеницы имеются пара инвертированных повторов размером 21552 пн каждый, область маленькой единичной копии (SSC) – 12791 пн, и область большой единичной копии (LSC) – 80003 пн. В составе хлоропластного генома T. militinae аннотировано 132 структурных гена, из которых 85 белок-кодирующих, 31 ген тРНК и четыре гена рРНК.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. Р. Кулуев

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Россия, Уфа, 450054

Р. Т. Матниязов

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Россия, Уфа, 450054

Б. Р. Кулуев

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Россия, Уфа, 450054

Л. Ю. Привалов

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Россия, Уфа, 450054

А. В. Чемерис

Институт биохимии и генетики – обособленное структурное подразделение Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук

Email: kuluev.azat91@yandex.ru
Россия, Уфа, 450054

Список литературы

  1. Жуковский П.М., Мигушова Э.Ф. Наиболее высокоиммунный эндемичный генофонд для выведения устойчивых сортов пшеницы путем отдаленной гибридизации // Вестник с.-х. наук. 1969. № 2. С. 9–20.
  2. Кулуев А.Р., Матниязов Р.Т., Кулуев Б.Р., Чемерис А.В. Triticum militinae Zhuk. et Migusch. – точно не мутант T. timopheevii Zhuk., как считалось долгие годы // Biomics. 2023. V. 15. № 3. P. 213–217. https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2023-19
  3. Наврузбеков Н.А. К происхождению Triticum militinae Zhuk. et Migusch. // Ботанические и генетические ресурсы флоры Дагестана. Махачкала: Даг. фил. АН СССР, 1981. С. 121–122.
  4. Shi C., Hu N., Huang H. et al. An improved chloroplast DNA extraction procedure for whole plastid genome sequencing // PLoS One. 2012. V. 7. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031468
  5. Graham D.E. The isolation of high molecular weight DNA from whole organisms of large tissue masses // Anal. Biochem. 1978. V. 78. P. 673–678.
  6. Bolger A.M., Lohse M., Usadel B. Trimmomatic: A flexible trimmer for Illumina sequence data // Bioinformatics. 2014. V. 30. P. 2114–2120. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
  7. Wu P., Xu C., Chen H. et al. NOVOWrap: An automated solution for plastid genome assembly and structure standardization // Mol. Ecol. Res. 2021. V. 21(6). P. 2177–2186. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13410
  8. Shi L., Chen H., Jiang M. et al. CPGAVAS2, an integrated plastome sequence annotator and analyzer // Nucl. Acids Res. 2019. V. 47. P. W65–W73. https://doi.org/10.1093/nar/gkz345
  9. Greiner S., Lehwark P., Bock R. Organellar Genome DRAW (OGDRAW) version 1.3.1: expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomes // Nucl. Acids. Res. 2019. V. 47. P. W59–W64.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Представление в виде кольца хлоропластного генома T. militinae var. albimilitinae k-59942. Визуализация пластома проведена при помощи ресурса OGDRAW. Разными цветами отображены гены, участок серого круга посередине отображает уровень GC-участков. IRA – инвертированная область повтора A, IRB – инвертированная область повтора B. Гены, расположенные за пределами внешнего круга, транскрибируются по часовой стрелке, а расположенные внутри гены – против часовой стрелки.

Скачать (498KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024