Поиски эпистатически взаимодействующих генетических вариантов, ассоциированных в составе биаллельных сочетаний с вазовагальными обмороками

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Наиболее частой причиной внезапной потери сознания являются вазовагальные обмороки (ВВО), которые возникают вследствие гипоперфузии головного мозга из-за нарушения вегетативного контроля кровообращения, приводящего к артериальной гипотензии. Известно, что к ВВО существует генетическая предрасположенность, однако данные о роли отдельных генов довольно противоречивы. С помощью программного обеспечения APSampler, использующего метод Монте-Карло Марковскими цепями и Байесовскую непараметрическую статистику, мы выявили биаллельные сочетания, ассоциированные с ВВО, и исследовали характер взаимодействия между их компонентами. Для анализа использовали полученные нами ранее результаты геномного типирования однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) пяти генов, продукты которых участвуют в нейрогуморальной регуляции, и четырех SNP, расположенных в локусе 2q32.1, пополненные данными для новых индивидов, включенных в исследование. В общую выборку вошло 175 больных с подтвержденным диагнозом ВВО и 200 индивидов контрольной группы без обмороков в анамнезе. Обнаружено 11 ассоциированных с ВВО попарных сочетаний SNP различных генов. пять из этих сочетаний оказались эпистатическими, причем в четырех из них вовлечены SNP локуса 2q32.1, лежащие внутри или вблизи генов некодирующих РНК. Высказано предположение, что гены некодирующих РНК, локализованные на хромосоме 2, могут прямо или опосредованно (через каскады взаимодействий) участвовать в регуляции активности генов, образующих с ними эпистатические пары.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Б. В. Титов

Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова; Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова

Email: olga.favorova@gmail.com
Россия, Москва, 121552; Москва, 117997

Н. А. Матвеева

Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова; Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова

Email: olga.favorova@gmail.com
Россия, Москва, 121552; Москва, 117997

Е. А. Базылева

Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова

Email: olga.favorova@gmail.com
Россия, Москва, 121552

А. В. Певзнер

Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова

Email: olga.favorova@gmail.com
Россия, Москва, 121552

О. О. Фаворова

Национальный медицинский исследовательский центр кардиологии им. академика Е.И. Чазова; Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н.И. Пирогова

Автор, ответственный за переписку.
Email: olga.favorova@gmail.com
Россия, Москва, 121552; Москва, 117997

Список литературы

  1. Brignole M., Moya A., de Lange F.J. et al.ESC Scientific Document Group. 2018 ESC Guidelines for the diagnosis and management of syncope // European Heart J. 2018. Vol. 39. P. 1883–1948. https://doi.org/10.5603/KP.2018.0161
  2. Brignole M., Moya A., de Lange F.J. etal.Рекомендации ЕОК по диагностике и лечению синкопальных состояний 2018 // Росс. кардиол. журнал. 2019. Т. 24. № 7. С. 130–194. https://doi.org/10.15829/1560-4071-2019-7-130-194
  3. Buszko K., Kujawski S., Newton J.L., Zalewski P. Hemodynamic response to the head-up tilt testin patients with syncopeasa predictor of the test outcome: A meta-analysis approach // Front. Physiology. 2019. V. 10. https://doi.org/10.3389/fphys.2019.00184
  4. Dockx K., Avau B., De Buck E. et al. Physical manoeuvers as a preventive intervention to manage vasovagal syncope: A systematic review // PLoS One. 2019. V. 14. № 2. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0212012
  5. Matveeva N., Titov B., Bazyleva E. et al. Towards understanding the genetic nature of vasovagal syncope // Int. J. Mol. Sci. 2021. V. 22. № 19. https://doi.org/10.3390/ijms221910316
  6. Benditt D.G., van Dijk J.G., Krishnappa D. et al. Neurohormones in the Pathophysiology of Vasovagal Syncope in Adults // Front. Cardiovascular Med. 2020. V. 7. https://doi.org/10.3389/fcvm.2020.00076
  7. Hadji-Turdeghal K., Andreasen L., Hagen C.M. etal. Genome-wide association study identifies locus at chromosome 2q32.1 associated with syncope and collapse // Cardiovascular Res. 2020. V. 116. № 1. P. 138–148. https://doi.org/10.1093/cvr/cvz106
  8. Aegisdottir H.M., Thorolfsdottir R.B., Sveinbjornsson G. et al. Genetic variants associated with syncope implicate neural and autonomic processes // European Heart J. 2023. V. 44. № 12. P. 1070–1080. https://doi.org/10.1093/eurheartj/ehad016
  9. Phillips P.C. Epistasis–the essential role of gene interactions in the structure and evolution of genetic systems // Nat. Rev. Genetics. 2008. V. 9. № 11. P. 855–867. https://doi.org/10.1038/nrg2452
  10. Titov B., Matveeva N., Kulakova O. et al. Vasovagal syncope Is associated with variants in genes involved in neurohumoral dignaling pathways // Genes (Basel). 2022. V. 13. № 9. https://doi.org/10.3390/genes13091653
  11. Матвеева Н.А., Титов Б.В., Базылева Е.А. и др. Ассоциация полиморфных вариантов генома в области 2q32.1 с развитием вазовагальных обмороков // Мол. биология. Т. 57. № 5. С. 827 – 832.
  12. Favorov A.V., Andreewski T.V., Sudomoina M.A. et al. A Markov chain Monte Carlo technique for identification of combinations of allelic variants underlying complex diseases in humans // Genetics. 2005. V. 171. P. 2113–2121. https://doi.org/10.1534/genetics.105.048090
  13. APSampler. – URL: http://apsampler.sourceforge.net/
  14. Barsova R.M., Lvovs D., Titov B.V. et al. Variants of the coagulation and inflammation genes area replicably associated with myocardial infarction and epistatically interact in Russians // PLoS One. 2015. V. 10. № 12. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0144190
  15. Lvovs D., Фаворова О.О., Фаворов А.В. Полигенный подход к исследованиям полигенных заболеваний // Acta Naturae. 2012. Т. 4. № 3 (14). С. 62–75 https://doi.org/10.32607/20758251-2012-4-3-59-71
  16. Benarroch E.E. The autonomic nervous system: Basic anatomy and physiology // CONTINUUM: Lifelong Learning in Neurology. 2007. V. 13. P. 13–32. https://doi.org/10.1212/01.CON.0000299964.20642.9a
  17. Chen J., Lipska B.K., Halim N. et al. Functional analysis of genetic variation in catechol-O-methyltransferase (COMT): Effects on mRNA, protein, and enzyme activity in postmortem human brain // Am. J. Human Genetics. 2004. V. 75. № 5. P. 807–821. https://doi.org/10.1086/425589
  18. Vanhoutte P.M. Nitric oxide: From Ggood to bad // Ann. Vasc. Diseases. 2018. V. 1. № 1. P. 41–51. https://doi.org/10.3400/avd.ra.17-00134
  19. Augeri A.L., Tsongalis G.J., Van Heest J.L. et al. The endothelial nitric oxide synthase –786 T > C polymorphism and the exercise-induced blood pressure and nitric oxide responses among men with elevated blood pressure // Atherosclerosis. 2009. V. 204. № 2. P. e28–34. https://doi.org/10.1016/j.atherosclerosis.2008.12.015
  20. Ikenouchi-Sugita A., Yoshimura R., Kishi T. et al. Three polymorphisms of the eNOS gene and plasma levels of metabolites of nitric oxide in depressed Japanese patients: A preliminary report // Human Psychopharmacology. 2011. V. 26. № 7. P.531–534. https://doi.org/10.1002/hup.1239

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Схематическое изображение биаллельных сочетаний полиморфных участков различных генов, ассоциированных с ВВО. Каждое сочетание изображено в виде пары SNP как прямоугольники, соединенные оранжевыми линиями; тройные линии связывают компоненты эпистатических сочетаний, одинарные линии – компоненты сочетаний, эпистаза между которыми не обнаружено. Звездочка около линии означает, что сочетание описано в работе [11]. Желтые прямоугольники – SNP в генах, продукты которых участвуют в нейрогуморальной регуляции (группа 1), голубые – SNP, расположенные на хромосоме 2 в локусе 2q32.1 (группа 2). В зеленой рамке – SNP, ассоциация которых с ВВО была показана только в составе сочетаний, в синей рамке – еще и в одиночку.

Скачать (39KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024