Возможности мультиплексной полимеразной цепной реакции в реальном времени и рутинного культурального исследования для оценки микробиоты толстого кишечника у детей

Обоснование. За последние десятилетия значительное внимание учёных уделено исследованию микробиоты кишечника, однако существующие диагностические подходы к её оценке в клинической практике весьма ограничены. В связи с этим назрела необходимость внедрения валидированного лабораторного метода с учётом современных представлений о микробиоте кишечника.

Цель. Сопоставление результатов исследования микробиоты толстого кишечника у детей рутинным культуральным методом (посев фекалий на дисбиоз кишечника) и полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.

Материалы и методы. 102 образца фекалий детей в возрасте от 0 до 14 лет были одновременно исследованы классическим культуральным методом и методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Полимеразную цепную реакцию проводили с использованием набора реагентов «Энтерофлор Дети» (ДНК-Технология, Россия). Методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени определяли 46 параметров: общую бактериальную массу, 40 групп представителей нормальной и условно-патогенной микробиоты, в том числе количества «детских» и «взрослых» бифидобактерий, а также 2 маркера патогенности (гены энтеротоксинов Сlostridioides difficile tcdA и tcdB, ген адгезина Streptococcus agalactiae Srr2) и маркер резистентности к антибиотикам — ген mecА. По каждому показателю определяли абсолютное количество, выраженное в геном-эквивалентах на 1 грамм фекалий (ГЭ/г), и рассчитывали долю от выявленных бактерий.

Результаты. Культуральным методом в исследованных образцах идентифицировали до 15 групп микроорганизмов. Применение полимеразной цепной реакции в режиме реального времени позволило идентифицировать 43 группы микроорганизмов в количествах до 10¹¹ ГЭ/г, 2 гена патогенности и один ген антибиотикорезистентности, а также рассчитать долю отдельных микроорганизмов в микробном сообществе. Наибольшее совпадение результатов отмечали для Candida albicans (все пробы отрицательные при исследовании обоими методами), Bifidobacterium spp. (92,2% совпадений), Escherichia coli (80,4% совпадений) и Staphylococcus aureus (64,7% совпадений). Для остальных сравниваемых групп микроорганизмов сопоставимые результаты регистрировали лишь в 9,8–36,3% образцов. Наиболее выраженные расхождения касались труднокультивируемых групп микроорганизмов, таких как лактобациллы, клостридии и бактероиды.

Заключение. Метод полимеразной цепной реакции в реальном времени смог подтвердить положительные результаты культурального исследования в 94,3% случаев, тогда как рост микроорганизмов в случае положительной ПЦР отмечали только в 32% случаев. Спектр определяемых данным методом микробных маркеров существенно превосходил таковой для культурального метода.