Результаты клинических испытаний нового отечественного набора реагентов на основе полимеразной цепной реакции для качественного и количественного определения ДНК возбудителя туберкулёза in vitro

Обложка


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Доступ платный или только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Борьба с туберкулёзом продолжается во всём мире. Для своевременного назначения больному противотуберкулёзной терапии необходимо быстро и эффективно выявлять возбудитель — Mycobacterium tuberculosis complex. Для этого используют молекулярно-генетические методы исследования, которые позволяют обнаружить ДНК возбудителя и получить результаты в день сдачи биологического материала в лабораторию. В Центре стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью был разработан набор реагентов «АмплиТест® МБТ» на основе полимеразной цепной реакции для обнаружения и количественного определения ДНК М. tuberculosis complex в образцах биологического материала человека и бактериальных культурах.

Цель — оценка эффективности нового набора реагентов «АмплиТест® МБТ» в сравнении с набором, аналогичным по назначению и зарегистрированным в России как медицинское изделие для диагностики in vitro , по результатам дорегистрационных клинических испытаний.

Материалы и методы. Исследовано 575 образцов — 475 образцов биологического материала от пациентов с туберкулёзом лёгких и внелёгочной локализации (мокрота, n =115; бронхоальвеолярный лаваж, n =109; биоптат (операционный материал), n =145; моча, n =106), а также 100 образцов бактериальных культур. Все образцы, кроме культур, обрабатывали с помощью реагентов n ALC- n aOH с получением осадков, каждый из которых делили на 4 равные части и анализировали с использованием трёх форм комплектации набора «АмплиТест® МБТ» и набора сравнения «Амплитуб-РВ» (ООО «Синтол»). Амплификацию проводили на СFX96, ДТпрайм, Applied Biosystems QuantStudio 5, Rotor-Gene Q вручную или с помощью программного обеспечения для автоматического учёта результатов. Рассчитывали показатели эффективности набора «АмплиТест® МБТ» — положительное и отрицательное соответствие результатов (с 95% доверительным интервалом). Для количественных результатов определяли коэффициент линейной корреляции (R2).

Результаты. Получено полное совпадение результатов качественного определения ДНК М. tuberculosis complex в исследуемых образцах при использовании нового набора и набора сравнения. Поэтому показатели эффективности нового набора «АмплиТест® МБТ» составили 100% для всех образцов. Коэффициенты линейной корреляции (R2) количественных результатов ДНК М. tuberculosis complex были выше 0,9.

Заключение. В результате проведённых клинических испытаний нового набора реагентов «АмплиТест® МБТ» показана его высокая эффективность в отношении качественного и количественного определения ДНК М. tuberculosis complex в образцах биологического материала человека и бактериальных культурах относительно набора сравнения.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Юлия Львовна Микулович

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью

Автор, ответственный за переписку.
Email: YuMikulovich@cspfmba.ru
ORCID iD: 0009-0006-3662-7528
SPIN-код: 8676-9256

канд. хим. наук

Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10, стр. 1

Анастасия Игоревна Зайцева

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью

Email: AZaytseva@cspfmba.ru
ORCID iD: 0009-0007-9297-0256
Россия, Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10, стр. 1

Сергей Вячеславович Лазебный

Московский областной клинический противотуберкулезный диспансер

Email: nelazebnyi@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8667-3614
Россия, Мытищи

Мария Александровна Плеханова

Московский областной клинический противотуберкулезный диспансер

Email: dina-plus@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1687-7598
SPIN-код: 3595-8608

д-р мед. наук, доцент

Россия, Мытищи

Сергей Викторович Смердин

Московский областной клинический противотуберкулезный диспансер

Email: mz_mokptd@mosreg.ru
ORCID iD: 0000-0002-2602-214X
SPIN-код: 7649-0300

д-р мед. наук, профессор

Россия, Мытищи

Герман Александрович Шипулин

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью

Email: Shipulin@cspfmba.ru
ORCID iD: 0000-0002-3668-6601
SPIN-код: 1908-9098

канд. мед. наук

Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, 10, стр. 1

Список литературы

  1. Нечаева О.Б. Эпидемическая ситуация по туберкулезу в России // Туберкулез и болезни легких. 2018. Т. 96, № 8. С. 15–24. doi: 10.21292/2075-1230-2018-96-8-15-24
  2. Global tuberculosis report 2021. Geneva: World Health Organization; 2021. Режим доступа: https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/346387/9789240037021-eng.pdf?sequence=1. Дата обращения: 30.09.2024.
  3. Global tuberculosis report 2023. Geneva: World Health Organization; 2023. Режим доступа: https://iris.who.int/bitstream/handle/10665/373828/9789240083851-eng.pdf?sequence=1. Дата обращения: 30.09.2024.
  4. Приказ Минздрава РФ от 21.03.2003 № 109 «О совершенствовании противотуберкулезных мероприятий в Российской Федерации (с изменениями на 5 июня 2017 года)». Режим доступа: https://docs.cntd.ru/document/901868614?section=text. Дата обращения: 30.09.2024.
  5. Клинические рекомендации «Туберкулез у взрослых», 2024. Режим доступа: https://cr.minzdrav.gov.ru/schema/16_3. Дата обращения: 30.09.2024.
  6. Огарков О.Б., Медведева Т.В. Диагностика туберкулеза: клиническое и эпидемиологическое значение современных лабораторных методов // Сибирский медицинский журнал. 2004. Т. 42, № 1. С. 5–9. EDN: OTPFCJ
  7. Козулицына Т.И. Микробиологические исследования. Руководство для врачей: Туберкулез органов дыхания. Москва, 1981. C. 136–149.
  8. Clopper C., Pearson E. The use of confidence or fiducial limits illustrated in the case of the binomial // Biometrika. 1934. Vol. 26, N 4. P. 404–413. doi: 10.2307/2331986
  9. Van Embden J., Cave D., Crawford J., et al. Strain identification of Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J Clin Microbiol. 1993. Vol. 31, N 2. P. 406–409. doi: 10.1128/jcm.31.2.406-409.1993
  10. Van Soolingen D., de Haas P.E., Hermans P.W., Groenen P.M., van Embden J.D. Comparison of various repetitive DNA elements as genetic markers for strain differentiation and epidemiology of Mycobacterium tuberculosis // J Clin Microbiol. 1993. Vol. 31, N 8. P. 1987–1995. doi: 10.1128/jcm.31.8.1987-1995.1993
  11. Mazurek G.H., Cave M.D., Eisenach K.D., et al. Chromosomal DNA fingerprint patterns produced with IS6110 as strain-specific markers for epidemiologic study of tuberculosis // J Clin Microbiol. 1991. Vol. 29, N 9. P. 2030–2033. doi: 10.1128/jcm.29.9.2030-2033.1991
  12. Small P.M., Hopewell P.C., Singh S.P., et al. The epidemiology of tuberculosis in San Francisco. A population-based study using conventional and molecular methods // N Engl J Med. 1994. Vol. 330. P. 1703–1709. doi: 10.1056/NEJM199406163302402
  13. Das S., Paramasivan C.N., Lowrie D.B., Prabhakar R., Narayanan P.R. IS6110 restriction fragment length polymorphism typing of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from patients with pulmonary tuberculosis in Madras, south India // Tuber Lung Dis. 1995. Vol. 76, N 6. P. 550–554. doi: 10.1016/0962-8479(95)90533-2
  14. Das S., Chan S.L., Allen B.W., Mitchison D.A., Lowrie D.B. Application of DNA fingerprinting with IS986 to sequential mycobacterial isolates obtained from pulmonary tuberculosis patients in Hong Kong before, during and after short-course chemotherapy // Tuber Lung Dis. 1993. Vol. 74, N 1. P. 47–51. doi: 10.1016/0962-8479(93)90068-9
  15. Goguet de la Salmoniere Y.O., Li H.M., Torrea G., et al. Evaluation of spoligotyping in a study of the transmission of Mycobacterium tuberculosis // J Clin Microbiol. 1997. Vol. 35, N 9. P. 2210–2214. doi: 10.1128/jcm.35.9.2210-2214.1997
  16. Kremer K., van Soolingen D., Frothingham R., et al. Comparison of methods based on different molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility // J Clin Microbiol. 1999. Vol. 37, N 8. P. 2607–2618. doi: 10.1128/JCM.37.8.2607-2618.1999
  17. Soini H., Pan X., Teeter L., Musser J.M., Graviss E.A. Transmission dynamics and molecular characterization of Mycobacterium tuberculosis isolates with low copy numbers of IS6110 // J Clin Microbiol. 2001. Vol. 39, N 1. P. 217–221. doi: 10.1128/JCM.39.1.217-221.2001
  18. Lok K.H., Benjamin W.H.Jr., Kimerling M.E., et al. Molecular Differentiation of Mycobacterium tuberculosis Strains without IS6110 Insertions // Emerging Infectious Diseases. 2002. Vol. 8, N 11. P. 1310–1313. doi: 10.3201/eid0811.020291
  19. Van Soolingen D., Hermans P.W., de Haas P.E., van Embden J.D. Insertion element IS1081-associated restriction fragment length polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis complex species: a reliable tool for recognizing Mycobacterium bovis BCG // J Clin Microbiol. 1992. Vol. 30, N 7. P. 1772–1777. doi: 10.1128/jcm.30.7.1772-1777.1992
  20. Chakravorty S., Simmons A.M., Rowneki M., et al. The new Xpert MTB/RIF Ultra: improving detection of Mycobacterium tuberculosis and resistance to rifampin in an assay suitable for point-of-care testing // mBio. 2017. Vol. 8, N 4. P. e00812–00817. doi: 10.1128/mBio.00812-17
  21. Yamaguchi R., Matsuo K., Yamazaki A., et al. Cloning and characterization of the gene for immunogenic protein MPB64 of Mycobacterium bovis BCG // Infect Immun. 1989. Vol. 57, N 1. P. 283–288. doi: 10.1128/iai.57.1.283-288.1989
  22. Armstrong D.T., Pretty L., D'Agostino K., et al. Diagnostic Accuracy of the Abbott SD Bioline MPT64 antigen test for identification of MTB Complex in a U.S. Clinical Mycobacteriology Laboratory // Heliyon. 2024. Vol. 10, N 9. P. e30501. doi: 10.1016/j.heliyon.2024.e30501
  23. Cormican M.G., Barry T., Gannon F., Flynn J. Use of polymerase chain reaction for early identification of Mycobacterium tuberculosis in positive cultures // J Clin Pathol. 1992. Vol. 45, N 7. P. 601–604. doi: 10.1136/jcp.45.7.601
  24. Chaudhari K.V., Toi P.C., Joseph N.M. Evaluation of real time polymerase chain reaction targeting mpb64 gene for diagnosis of extrapulmonary tuberculosis // Indian J Tuberc. 2021. Vol. 68, N 2. P. 242–248. doi: 10.1016/j.ijtb.2020.09.009

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. График корреляции результатов количественного определения ДНК МБТ в образцах мокроты, полученных при использовании набора реагентов «АмплиТест® МБТ» формы 1 и набора сравнения «Амплитуб-РВ».

Скачать (76KB)
Метаданные
3. Рис. 2. График корреляции результатов количественного определения ДНК МБТ в образцах БАЛ, полученных при использовании набора реагентов «АмплиТест® МБТ» формы 1 и набора сравнения «Амплитуб-РВ».

Скачать (74KB)
Метаданные
4. Рис. 3. График корреляции результатов количественного определения ДНК МБТ в образцах биоптата (операционного материала), полученных при использовании набора реагентов «АмплиТест® МБТ» формы 1 и набора сравнения «Амплитуб-РВ».

Скачать (88KB)
Метаданные
5. Рис. 4. График корреляции результатов количественного определения ДНК МБТ в образцах мочи, полученных при использовании набора реагентов «АмплиТест® МБТ» формы 1 и набора сравнения «Амплитуб-РВ».

Скачать (70KB)
Метаданные
6. Рис. 5. График корреляции результатов количественного определения ДНК МБТ в образцах бактериальных культур, полученных при использовании набора реагентов «АмплиТест® МБТ» формы 1 и набора сравнения «Амплитуб-РВ».

Скачать (85KB)
Метаданные

© Микулович Ю.Л., Зайцева А.И., Лазебный С.В., Плеханова М.А., Смердин С.В., Шипулин Г.А., 2025

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
СМИ зарегистрировано Федеральной службой по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор).
Регистрационный номер и дата принятия решения о регистрации СМИ:  ПИ № ФС 77 - 86785 от 05.02.2024 (ранее — ПИ № ФС 77 - 59057 от 22.08.2014).