Сравнение эффективности молекулярных тестов на основе изотермической амплификации и полимеразной цепной реакции для детекции генов карбапенемаз при нозокомиальной пневмонии
- Авторы: Данилов Д.И.1, Глущенко Е.Е.1, Савочкина Ю.А.1, Стрелкова Д.А.2, Рачина С.А.2, Гасанова Д.Р.2, Федина Л.В.3, Сычев И.Н.3, Ларин Е.С.4, Шипулин Г.А.1
-
Учреждения:
- Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью
- Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова
- Городская клиническая больница имени С.С. Юдина
- Госпиталь для ветеранов войн № 3
- Выпуск: Том 69, № 9 (2024)
- Страницы: 198-209
- Раздел: Оригинальные исследования
- Статья опубликована: 10.02.2025
- URL: https://kld-journal.fedlab.ru/0869-2084/article/view/641937
- DOI: https://doi.org/10.17816/cld641937
- ID: 641937
Цитировать
Полный текст



Аннотация
Обоснование. Антибиотикорезистентность возбудителей нозокомиальной пневмонии (НП), в первую очередь, их устойчивость к карбапенемам, представляет серьёзную проблему для здравоохранения. Для своевременного назначения эффективной антимикробной терапии требуются новые быстрые и чувствительные методы диагностики. Разработка и внедрение диагностических тестов на основе молекулярных методов, включая полимеразную цепную реакцию (ПЦР) и перспективные технологии изотермической амплификации, позволит значительно сократить время получения результатов и повысить эффективность выявления возбудителей НП, обладающих генами карбапенемаз.
Цель — проведение сравнительной оценки эффективности нового теста на основе петлевой изотермической амплификации (LAMP) для выявления генов карбапенемаз групп NDM, OXA-48 и KPC, используемых в практике лабораторной диагностики тестов на основе полимеразной цепной реакции с детекцией в режиме реального времени при применении их в диагностике нозокомиальных инфекций нижних дыхательных путей, в том числе нозокомиальной пневмонии.
Материалы и методы. В исследование включён 141 образец биоматериала из нижних дыхательных путей от 107 пациентов с нозокомиальной инфекцией нижних дыхательных путей (нозокомиальной пневмонией и/или гнойным трахеобронхитом). Биоматериал представлял из себя аспират из трахеи (ТА, n=78), бронхоальвеолярный лаваж (БАЛ, n=29) и мокроту (n=34). Нуклеиновые кислоты выделяли с использованием набора «АмплиТест® РИБО-преп». Гены NDM, OXA-48 и KPC анализировали с помощью разработанного набора реагентов «АмплиТест® CP NDM/OXA-48/KPC LAMP» на основе метода петлевой изотермической амплификации. Для сравнения результатов применяли метод ПЦР в режиме «реального времени» с использованием наборов реагентов «АмплиСенс® MDR MBL-FL» и «АмплиСенс® MDR KPC/OXA-48-FL».
Результаты. Получены совпадающие результаты выявления генов карбапенемаз групп NDM, OXA-48 и KPC в образцах биоматериала из нижних дыхательных путей при использовании нового теста на основе изотермической амплификации и с помощью ПЦР-тестов для всех исследованных образцов. С помощью критерия TTP (Time to positivity — время до положительного результата) показано ускоренное время получения результата LAMP в сравнении с ПЦР. С помощью дополнительных ПЦР-тестов были определены грамотрицательные микроорганизмы, присутствующие в исследуемых образцах (как в индивидуальной, так и в смешанной форме).
Заключение. Согласно полученным результатам, эффективность выявления генов карбапенемаз указанных групп с помощью нового теста на основе LAMP не уступает эффективности их выявления с помощью ранее внедрённых в практику ПЦР-тестов.
Полный текст

Об авторах
Дмитрий Игоревич Данилов
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью
Автор, ответственный за переписку.
Email: danilov.i.dmitry@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-5772-8498
SPIN-код: 8372-8456
Россия, 119121, Москва, уд. Погодинская, 10, стр. 1
Елизавета Евгеньевна Глущенко
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью
Email: Glushhenko@cspfmba.ru
ORCID iD: 0000-0002-6674-2045
SPIN-код: 7440-4930
Россия, 119121, Москва, уд. Погодинская, 10, стр. 1
Юлия Анатольевна Савочкина
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью
Email: YSavochkina@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0003-2313-0521
канд. биол. наук
Россия, 119121, Москва, уд. Погодинская, 10, стр. 1Дарья Александровна Стрелкова
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова
Email: dashastrelkova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-2124-0623
SPIN-код: 9549-8053
канд. мед. наук
Россия, МоскваСветлана Александровна Рачина
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова
Email: rachina_s_a@staff.sechenov.ru
ORCID iD: 0000-0002-3329-7846
SPIN-код: 1075-7329
д-р мед. наук, доцент
Россия, МоскваДиана Ровшановна Гасанова
Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова
Email: gasanova_556@mail.com
ORCID iD: 0009-0008-9830-7516
Россия, Москва
Людмила Владимировна Федина
Городская клиническая больница имени С.С. Юдина
Email: fedina201368@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6417-9535
SPIN-код: 1961-7486
Россия, Москва
Игорь Николаевич Сычев
Городская клиническая больница имени С.С. Юдина
Email: sychevigor@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2970-3442
SPIN-код: 7282-6014
канд. мед. наук, доцент
Россия, МоскваЕгор Сергеевич Ларин
Госпиталь для ветеранов войн № 3
Email: dr.egorlarin@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-7450-6317
Россия, Москва
Герман Александрович Шипулин
Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью
Email: Shipulin@cspfmba.ru
ORCID iD: 0000-0002-3668-6601
SPIN-код: 1908-9098
канд. мед. наук
Россия, 119121, Москва, уд. Погодинская, 10, стр. 1Список литературы
- Xu E., Pérez-Torres D., Fragkou P.C., Zahar J.R., Koulenti D. Nosocomial Pneumonia in the Era of Multidrug-Resistance: Updates in Diagnosis and Management // Microorganisms. 2021. Vol. 9, N 3. P. 534. doi: 10.3390/microorganisms9030534
- Ramadan R.A., Bedawy A.M., Negm E.M., et al. Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae Among Patients with Ventilator-Associated Pneumonia: Evaluation of Antibiotic Combinations and Susceptibility to New Antibiotics // Infect Drug Resist. 2022. Vol. 15. P. 3537–3548 doi: 10.2147/IDR.S371248
- Doi Y. Treatment Options for Carbapenem-resistant Gram-negative Bacterial Infections // Clin Infect Dis. 2019. Vol. 69. P. S565–S575. doi: 10.1093/cid/ciz830
- Erfani Y., Rasti A., Janani L. Prevalence of Gram-negative bacteria in ventilator-associated pneumonia in neonatal intensive care units: a systematic review and meta-analysis protocol // BMJ Open. 2016. Vol. 6, N 10. P. e012298. doi: 10.1136/bmjopen-2016-012298
- Kaboré B., Ouédraogo G.A., Ouédraogo H.S., et al. Identification and phylogenetic analysis of carbapenemase genes from clinical strains of Klebsiella pneumoniae // J Infect Dev Ctries. 2024. Vol. 18. P 1387–1393. doi: 10.3855/jidc.17519
- Кузьменков А.Ю., Виноградова А.Г., Трушин И.В., и др. AMRmap-система мониторинга антибиотикорезистентности в России // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2021. Т. 23, № 2. С. 198–204. doi: 10.36488/cmac.2021.2.198-204
- Яковлев С.В., Суворова М.П., Быков А.О. Инфекции, вызванные карбапенеморезистентными энтеробактериями: эпидемиология, клиническое значение и возможности оптимизации антибактериальной терапии // Антибиотики и химиотерапия. 2020. Т. 65, № 5–6. С. 41–69. doi: 10.37489/0235-2990-2020-65-5-6-41-69
- Яковлев С.В., Суворова М.П., Белобородов В.Б., и др. Нозокомиальные инфекции в хирургических отделениях ЛПУ России: исследование ЭРГИНИ // Инфекции в хирургии. 2016. Т. 14, № 3. С. 6–15. EDN: OJZPKJ
- Brkic S., Cirkovic I. Carbapenem-Resistant Enterobacterales in the Western Balkans: Addressing Gaps in European AMR Surveillance Map // Antibiotics. 2024. Vol. 13, N 9. P. 895. doi: 10.3390/antibiotics13090895
- Piotrowski M., Alekseeva I., Arnet U., Yücel E. Insights into the Rising Threat of Carbapenem-Resistant Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa Epidemic Infections in Eastern Europe: A Systematic Literature Review // Antibiotics. 2024. Vol. 13, № 10. P. 978. doi: 10.3390/antibiotics13100978
- Рачина С.А., Федина Л.В., Сухорукова М.В., и др. Диагностика и антибактериальная терапия нозокомиальной пневмонии у взрослых: от рекомендаций к реальной практике // Терапевтический архив. 2023. Т. 95, № 11. С. 996–1003. doi: 10.26442/00403660.2023.11.202467
- Белобородов В.Б., Гусаров В.Г., Дехнич А.В., и др. МЕДОДИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ Российской некоммерческой общественной организации «Ассоциация анестезиологов-реаниматологов», Межрегиональной общественной организации «Альянс клинических химиотерапевтов и микробиологов», Межрегиональной ассоциации по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии (МАКМАХ), общественной организации «Российский Сепсис Форум» «Диагностика и антимикробная терапия инфекций, вызванных полирезистентными микроорганизмами» // Вестник анестезиологии и реаниматологии. 2020. Т. 17, № 1. С. 52–83. doi: 10.21292/2078-5658-2020-16-1-52-83
- Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Иванчик Н.В., и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacterales в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016» // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 2. С. 147–159. doi: 10.36488/cmac.2019.2.147-159
- Wu W., Feng Y., Tang G., et al. NDM Metallo-β-Lactamases and Their Bacterial Producers in Health Care Settings // Clin Microbiol Rev. 2019. Vol. 32, N 2. P. 10–1128. doi: 10.1128/CMR.00115-18
- Li X., Zhao D., Li W., Sun J., Zhang X. Enzyme Inhibitors: The Best Strategy to Tackle Superbug NDM-1 and Its Variants // Int J Mol Sci. 2021. Vol. 23, N 1. P. 197. doi: 10.3390/ijms23010197
- Pitout J.D., Peirano G., Kock M.M., Strydom K.A., Matsumura Y. The Global Ascendency of OXA-48-Type Carbapenemases // Clin Microbiol Rev. 2019. Vol. 33, N 1. P. 10–1128. doi: 10.1128/CMR.00102-19
- Hirvonen V.H., Spencer J., Van Der Kamp M.W. Antimicrobial Resistance Conferred by OXA-48 β-Lactamases: Towards a Detailed Mechanistic Understanding // Antimicrob Agents Chemother. 2021. Vol. 65, N 6. P. 10–1128. doi: 10.1128/AAC.00184-21
- Яковлев С.В. Клиническая эффективность цефтазидима–авибактама при инфекциях, вызванных карбапенеморезистентными грамотрицательными бактериями // Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66, № 7–8. С. 67–82. doi: 10.37489/0235-2990-2021-66-7-8-67-82
- Емельянов В.Н., Зоря А.И., Глушков А.А. Эпидемиологические особенности антибиотикорезистентности клинически значимых патогенных микроорганизмов на примере бактерий рода Serratia // Медицина. 2024. Т. 12, № 3. С. 118–129. doi: 10.29234/2308-9113-2024-12-3-118-129
- Boutal H., Vogel A., Bernabeu S., et al. A multiplex lateral flow immunoassay for the rapid identification of NDM-, KPC-, IMP-and VIM-type and OXA-48-like carbapenemase-producing Enterobacteriaceae // J Antimicrob Chemother. 2018. Vol. 73, N 4. P. 909–915. doi: 10.1093/jac/dkx521
- Sękowska A., Bogiel T. The Evaluation of Eazyplex® SuperBug CRE Assay Usefulness for the Detection of ESBLs and Carbapenemases Genes Directly from Urine Samples and Positive Blood Cultures // Antibiotics. 2022. Vol. 11, N 2. P. 138. doi: 10.3390/antibiotics11020138
- Isler B., Aslan A.T., Akova M., Harris P., Paterson D.L. Treatment strategies for OXA-48-like and NDM producing Klebsiella pneumoniae infections // Expert Rev Anti Infect Ther. 2022. Vol. 20, N 11. P. 1389–1400. doi: 10.1080/14787210.2022.2128764
- Суворова М.П., Сычев И.Н., Игнатенко О.В., и др. Первый опыт комбинированного применения цефепима/сульбактама и азтреонама в ОРИТ при нозокомиальных инфекциях, вызванных устойчивыми к карбапенемам грамотрицательными микроорганизмами, продуцирующими карбапенемазы классов B и D // Антибиотики и Химиотерапия. 2022. Vol. 67, N 11–12. P. 36–45. doi: 10.37489/0235-2990-2022-67-11-12-36-45
- Porreca A.M., Sullivan K.V., Gallagher J.C. The epidemiology, evolution, and treatment of KPC-producing organisms // Curr Infect Dis Rep. 2018. Vol. 20, N 13. P. 1–12. doi: 10.1007/s11908-018-0617-x
- Gu D., Yan Z., Cai C., et al. Comparison of the NG-Test Carba 5, Colloidal Gold Immunoassay (CGI) Test, and Xpert Carba-R for the Rapid Detection of Carbapenemases in Carbapenemase-Producing Organisms // Antibiotics. 2023. Vol. 12, N 2. P. 300. doi: 10.3390/antibiotics12020300
- Poirier A.C., Kuang D., Siedler B.S., et al. Development of Loop-Mediated Isothermal Amplification Rapid Diagnostic Assays for the Detection of Klebsiella pneumoniae and Carbapenemase Genes in Clinical Samples // Front Mol Biosci. 2022. Vol. 8. P. 794961. doi: 10.3389/fmolb.2021.794961
- Seymour C.W., Gesten F., Prescott H.C., et al. Time to Treatment and Mortality during Mandated Emergency Care for Sepsis // N Engl J Med. 2017. Vol. 376, N 23. P. 2235–2244. doi: 10.1056/NEJMoa1703058
- Шайдуллина Э.Р., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Сухорукова М.В., Козлов Р. С. Антибиотикорезистентность нозокомиальных карбапенемазопродуцирующих штаммов Enterobacterales в России: результаты эпидемиологического исследования 2014-2016 гг. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2018. Т. 20, № 4. С. 362–369. doi: 10.36488/cmac.2018.4.362-369
Дополнительные файлы
